廢水進行生物脫氮需要完成硝化和反硝化兩個過程。在這個過程中就會用到復合碳源。廢水中的氨氮必須被硝化或轉化成亞硝酸鹽和硝酸鹽，然后在反硝化過程中，硝酸鹽被作為細胞呼吸過程中氧化簡單碳化合物的供養體被還原成氮氣。因此，以去除硝酸鹽為目標的反硝化過程必須要有易生物降解的碳源存在。其來源包括進水中溶解性BOD、內源反硝化過程中細胞的糜爛物和各類上清液回流等。當進水溶解性有機物不足而脫氮要求很高時，則需要通過補充化學物質以提供反硝化過程所需要的碳源。

復合碳源投加點的選擇跟藥劑性質、水力條件、水質污染程度有關。較佳的投藥點一般選擇在缺氧段，效果較佳，藥耗較省，同時對水質產生的影響較低；混合時水力強度要大，時間要短，保證藥劑與水充分混合；水質污染程度較高較難處理時，由于該藥劑為中性，對水質波動抗沖擊性強，不影響出水水質，可不斷增加投加量，確保出水達標排放。